FlexS

Flexs prédit la conformation et l'orientation de l'un des ligands par rapport à l'autre. Dans Flexs la référence-ligand est supposée être rigide, donc, il devrait être donné dans une conformation qui est similaire à l'état lié. L'algorithme de superposition dans Flexs nécessite que peu d'intervention manuelle. Vous pouvez intégrer ces connaissances dans les calculs avec Flexs en effectuant les étapes simples manuellement. Ainsi, Flexs est conçu pour un travail interactif sur des paires de ligands, ainsi que pour le criblage virtuel basé au ligand. Les deux principales applications de Flexs sont super positionnement ligand (par exemple. Pour CoMFA / QSAR) et criblage virtuel. Si vous avez une protéine et une petite molécule se liant à elle (dite de référence ligand), mais pas de structure de la protéine, vous pouvez prendre la structure de référence comme une empreinte négative du site actif. Flexs détermine la similitude entre le test et la structure de référence en les alignant. Dans le criblage virtuel, vous avez une référence-ligand et un ensemble de composés et vous êtes intéressé à hiérarchiser les composés pour des essais expérimentaux.